ソース中に大量の改行ができる
MTIf系やMTSetVar系など、条件分岐や変数に関するタグは、パブリッシュ段階でnullに置き換えられます。その際、改行が含まれていると、改行はそのまま残る為にソース中に大量の改行ができてしまう場合があります。
この場合は改行を含めずにコードをつなげて一行で記述すればいいです。
例：
<? echo('<?xml version="1.0" encoding="<$MTPublishCharset$>"?>') ?><MTSetVar name="body_class" value="mt-main-index"><MTSetVar name="main_template" value="1"><MTSetVar name="main_index" value="1"><MTSetVar name="sidebar" value="1"><MTSetVar name="module_recent_entries" value="1"><MTSetVar name="module_category_archives" value="1"><MTSetVar name="module_author_archives" value="1"><MTSetVar name="module_monthly_archives" value="1">
なお、こうすることによってコードが非常に見難くなります。
そこで、以下のような対処法もあります。
ページ先頭の改行を削除する（The blog of H.Fujimoto）
MTRemoveBlank プラグイン（Movable Type備忘録）
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